Isto é muito facil, só estou fazendo esse tutorial para ajudar iniciantes!
1- Clique com o botao direito na stone que você deseja utilizar para evoluir seu pokemon. Vou utilizar a water stone para evoluir um Eevee para vaporeon.
2- Logo em seguida clike com o botao esquerdo encima do seu pokemon.
Pronto. Seu pokemon acabou de evoluir.
EXEMPLO:
